Selain mikroskop dan cawan Petri, komputer merupakan alat penting bagi ahli mikrobiologi. Perangkat lunak untuk penelitian mikrobiologi mencakup alat yang digunakan oleh disiplin ilmu dan teknik lainnya serta aplikasi khusus untuk mempelajari bakteri dan mikroorganisme lainnya. Banyak aplikasi yang dikembangkan oleh lembaga pemerintah, yayasan nirlaba, atau peneliti akademis tersedia sebagai perangkat lunak gratis untuk diunduh dan digunakan sesuai kebutuhan eksperimen atau lab Anda.
Alat Visualisasi
Gambaran fisik atau mental dari data mentah yang Anda kumpulkan dapat membantu Anda lebih memahami kualitas, signifikansi, dan implikasinya. Perangkat lunak visualisasi data open source dan komersial tersedia secara luas untuk penelitian mikrobiologi. Buat bagan dan grafik data Anda menggunakan LibreOffice Calc, Microsoft Excel, atau sistem visualisasi data Mondrian. Aplikasi Cell-O dan RasMol membantu Anda membuat model animasi 2D dan 3D dari molekul yang signifikan secara biologis seperti protein dan asam amino.
Pemodelan Matematika
Kumpulan besar data mikrobiologi sering kali menghasilkan informasi yang lebih bermakna setelah dianalisis secara numerik. Paket perangkat lunak MATLAB, Octave, dan SciPy yang melakukan penyempurnaan matematis, analisis, dan pemodelan data ilmuwan. Gunakan paket-paket ini untuk melakukan estimasi parameter melalui penyesuaian kurva, prediksi epidemiologi, simulasi pertumbuhan bakteri dan derau data atau eliminasi efek stokastik. Aplikasi ini juga melakukan perhitungan statistik, seperti analisis varians atau uji Chi-square.
Bioinformatika Genom
Aplikasi perangkat lunak mikrobiologi juga membantu Anda memvisualisasikan dan menggali informasi dari urutan asam nukleat yang membentuk DNA mikro-organisme. Open Bioinformatics Foundation menyediakan aplikasi pengurutan dan analisis DNA open-source gratis seperti BioJava dan Biopython yang mengekstrak data dari bank informasi genom, mengurai kode DNA organisme, dan membandingkannya dengan sampel DNA lainnya. Paket analisis genom tambahan termasuk Emboss, HMMER, Clustal Omega, Paket Inferensi Filogeni, atau PHYLIP, dan Rangkaian Manipulasi Urutan, atau SMS.
Perangkat Lunak Referensi
Laju cepat penemuan ilmiah dalam mikrobiologi dan perubahan peraturan pemerintah membuat penting bahwa ahli mikrobiologi memiliki akses siap ke informasi yang mempengaruhi pekerjaan mereka. HUGO adalah paket perangkat lunak komersial yang menyediakan ahli mikrobiologi dengan informasi terkini tentang alat, bahan kimia, peralatan, media kultur, persyaratan keamanan, organisme baru, perubahan taksonomi, dan antibiotik. Selain itu, ahli mikrobiologi yang bekerja di bidang ilmu pangan dapat menggunakan aplikasi Web Browser ComBase untuk mengakses data mikrobiologi terkait makanan yang disediakan oleh lembaga pemerintah di Inggris, Australia, dan Amerika Serikat.
