Melakukan jailbreak pada iPhone, meskipun membatalkan garansi, tidak akan mencegah Anda untuk terus menggunakan semua aplikasi yang telah Anda beli melalui iTunes App Store. Sebaliknya, proses menambahkan toko aplikasi alternatif, Cydia, ke ponsel Anda, yang berfungsi bersama dengan App Store resmi. Meskipun jailbreaking itu sendiri tidak akan menghapus aplikasi lama Anda, prosesnya terkadang mengharuskan Anda untuk memulihkan sistem operasi ponsel, memaksa Anda untuk memulihkan aplikasi dari cadangan atau mengunduh ulang.
Proses Jailbreak Normal
Saat Anda menjalankan utilitas jailbreaking di komputer Anda, perangkat lunak akan mengirimkan berbagai perintah ke telepon Anda. Selama proses ini, ponsel Anda mungkin akan reboot beberapa kali. Setelah jailbreak selesai, ponsel Anda seharusnya masih memiliki semua aplikasi lama Anda, ditambah aplikasi Cydia. Anda dapat mengunduh aplikasi dan tweak sistem dari Cydia sambil terus berbelanja aplikasi dari iTunes App Store.
Menggunakan iTunes
Bahkan setelah jailbreaking, Anda dapat terus melakukan sinkronisasi dengan iTunes di komputer Anda. Proses sinkronisasi tidak akan mengubah atau menghapus aplikasi App Store Anda, atau aplikasi Cydia Anda. Namun, dalam beberapa kasus, tweak dari Cydia dapat menyebabkan aplikasi muncul dengan tidak semestinya di iTunes. Misalnya, jika Anda menyembunyikan aplikasi di ponsel menggunakan tweak jailbreak, aplikasi tersebut akan tetap muncul di iTunes di komputer Anda. Terlepas dari inkonsistensi, sinkronisasi akan berfungsi dengan benar.
Resiko potensial
Baik jailbreaking itu sendiri dan menginstal aplikasi dari Cydia membawa beberapa risiko merusak sistem ponsel Anda. Jika ini terjadi, Anda harus memulihkan telepon menggunakan iTunes. Meskipun Anda tidak akan pernah kehilangan akses ke aplikasi yang Anda beli -- Anda selalu dapat mengunduh ulang aplikasi yang telah Anda bayar -- proses ini akan menghapus data aplikasi Anda, memulihkannya ke tanggal sinkronisasi terakhir Anda. Untuk menghindari kehilangan data, selalu sinkronkan ponsel Anda sebelum melakukan jailbreak atau menguji aplikasi jailbreak baru.
Kehilangan Aplikasi Cydia
Meskipun jailbreaking tidak akan menghapus aplikasi App Store, memperbarui sistem ponsel Anda, memulihkannya, atau melakukan jailbreak ulang akan menghapus semua aplikasi yang diunduh dari Cydia. Setelah jailbreak baru, Anda harus mengunduh semua aplikasi seperti itu lagi. Aplikasi berbayar tetap terikat dengan akun Cydia Anda, jadi Anda tidak perlu membayar lagi. Anda juga dapat menginstal aplikasi cadangan Cydia seperti PKGBackup atau xBackup untuk mencadangkan dan memulihkan aplikasi Cydia Anda sekaligus.